Conférence – Nicolas Doucet, Ph.D, Monday, April 14 at 09:30 a.m

PROTEO is pleased to invite you on Monday, April 14 at 09:30 a.m. to the presentation by Nicolas Doucet, Ph.D, Professor at the Institut national de la recherche scientifique, invited by Rong Shi, Ph.D., Professor at Université Laval in the Pavillon Charles-Eugène-Marchand, salle Hydro-Québec, Université Laval.

“Échange conformationnel et ingénierie des protéines : De la conservation évolutive à la conception assistée par intelligence artificielle”

Ces dernières décennies ont été marquées par des avancées majeures dans la caractérisation de la dynamique et de la flexibilité moléculaire chez les protéines. L’établissement de liens entre l’échange conformationnel et l’activité biologique ouvre désormais la voie à l’ingénierie dynamique, qui vise à prédire et à concevoir des réseaux moléculaires afin de moduler la fonction des protéines à l’échelle atomique. Nous illustrerons cette approche par plusieurs exemples d’ingénierie de réseaux dynamiques évolutivement conservés au sein de sous-familles d’homologues structuraux à l’étude dans notre laboratoire, démontrant ainsi leur rôle clé dans la préservation des fonctions biologiques.

En complément, nous présenterons SPASE (Soluble Protein Analog Selection Engine), un outil web automatisé et convivial intégrant des algorithmes d’IA avancés et des outils bioinformatiques performants dans le but de faciliter la conception d’analogues protéiques de haute qualité. Accessible gratuitement à des fins de recherche académique, SPASE génère et sélectionne des variants optimisés pour la solubilité, la stabilité et une faible propension à l’agrégation, offrant ainsi une solution accessible à l’optimisation rationnelle des protéines.

SPASE se distingue notamment par son intégration sur une plateforme web intuitive, accélérant la découverte et l’optimisation de biomolécules sans nécessiter d’expertise avancée en programmation ou en conception de librairies de variants. En réduisant l’écart entre la conception computationnelle et la validation expérimentale, nous espérons que SPASE puisse contribuer à démocratiser l’ingénierie in silico de protéines et d’enzymes fonctionnelles, facilitant ainsi son adoption par des laboratoires de recherche aux expertises variées.

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